¿Como Shopify sabe a qué Locación o sucursal inyectar cada pedido?

Tu tienes la decisión sobre esto, Puedes configurar en Shopify las locaciones o sucursales que quieres que Shopify le dé prioridad

Shopify maneja prioridades, tú le dices a qué Locación debe inyectar primero el pedido y cual después.

Para hacerlo, puedes ir a Shopify / Configuración y seleccionar la seccion "sucursales" o Locations en ingles. 

Luego dentro de la sección, puedes crear una sección nueva o administrar las que ya tienes hechas. Si te fijas, siempre habrá una sección que será prioridad, como lo muestra la imagen a continuación: 

Si quieres cambiar esta configuración, debes entrar  a la sucursal que deseas convertir en prioridad y seleccionarlo como indica en la foto: 

la prioridad significa que Shopify Intentará siempre surtir el pedido completo por la sucursal que tienes marcada como prioridad, si no lo logra, obtendrá los productos de las otras bodegas, ya sea todos los productos del pedido o solo algunos combinando productos de diferentes locaciones para completar el pedido. 

Notas importantes: 

Por defecto, Si Shopify hace un pedido combinando productos de dos bodegas, el sistema le cobrará al cliente 2 envíos. Esto es algo que se puede modificar en Shopify pero debes llamar a su servicio al cliente y solicitarlo mediante un ticket. 

Aquí te dejamos un extracto de la conversación que tuvo uno de nuestros clientes con shopify Solicitando el cambio. 
Es importante que especifiquen a Shopify que necesitas que se cobre un solo envío aunque el pedido sea surtido desde dos.